Kommunen driver trafikhavnene i Hobro og Kongsdal. Herudover findes to private trafikhavne ved Mariager Fjord (AKZO NOBEL SALT og H. J. Hansen). Havnene har indtægter i form af skibs- og vareafgifter. Endvidere er der indtægter fra udlejning af bygninger.
Skibene, der anløber havnene ved Mariager Fjord, har så stor dybgang, at det er nødvendigt at foretage uddybning af sejlløbet øst for Hadsund. Sejlløbet oprenses hvert år, og det oprensede materiale deponeres på en godkendt lokalitet i Kattegat.
Udgifterne til oprensningen fordeles blandt trafikhavnene i forhold til disses omsætning (skibs- og vareafgifter). Oprensningen sker med privatejet sandsugerfartøj.
Vedligeholdelsen af fjordens bøjer og fyr varetages af Fjordudvalgets personale. Personalet har også ansvaret for, at sejlløbet i isperioder så vidt muligt holdes sejlbart. Fjordudvalget består af repræsentanter for de private og kommunale trafikhavne i fjorden.
Sejlløbet skal efter vedtægterne have en dybde på 5,7 m og en bredde på 25 m. Lovgivningen stiller i øvrigt krav om lodsassistance for de større skibe, der anløber Mariager Fjord.
Da trafikhavnene modtager skibe i international fart, stiller den internationale søfartsorganisation IMO og EU krav om terrorsikring af havnene. Beredskabet opretholdes døgnet rundt hele året.
I havnene kan skibene komme af med affald herunder olieaffald.
Det daglige arbejde på havnene varetages af skibsmæglere. Havnefogeder assisterer ved skibsanløb.